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难以察觉的癌症突变可以用现有的药物
http://owanxianqun.com.cn2020-10-14

  新的研究表明,目前系统地基因组分析的方法尚未发现患者的肿瘤中某种复杂突变的类型。此外,这些复杂的突变和大一部分被发现于著名的癌症基因中,这些基因可以用现有的治疗,有可能扩大癌症患者受益的数量。

  圣路易斯的华盛顿大学医学中心于12月14日在自然医学的期刊上发表了该项研究。

  “不捕捉患者的肿瘤靶向突变的想法是具有毁灭性的”资深作者李丁博士,华盛顿大学基因组研究所的麦克唐奈医学助理副教授。“我们开发了一个软件工具,寻找一种特定类型的错误,该类错误一直被癌症基因组研究所错过。我们在关键的癌症基因中确定了大量的遗传错误。发现这些事件的能力对于癌症研究和临床实践是至关重要的。”

  基因组中的突变以各种不同的方式。也许最简单的是在基因代码中一个单一的“字符”的变化。较复杂类型的突变是那些涉及删除或插入几个字符。在新研究的8000例肿瘤病例中,研究者把重点放在插入字符的突变,同时关注被删除的字符。

  “我们称这类突变为一个复杂的变异,因为插入和缺失是发生在同一时间,在同一染色体上的位置,”丁说。“捕捉到这样的变异是非常困难的,因为传统的方法被设计来捕捉插入或缺失,而不是两种类型在相同的时间和地点。”

  为了寻找复杂的变异,研究者研发了专门的计算机软件,并在他们特意推出的这些复杂的突变基因组序列中验证其准确性。然后,研究人员查看已被测序的癌症基因组,发现了285个复杂的已知癌症相关的基因变异。大约81%的这些复杂变异在首先使用传统的方法分析时错过。18%的复杂变异被误作为其他类型的突变。

  丁强调发展特殊工具找到这些复杂变异的重要性,作为数据表明,突变利用现有的工具几乎完全未被发现和出现在重要的癌基因簇通常可以归因于随机的机会。这个信息是特别有价值的发现,当个突变上的基因已经设计了针对其作用的药物。

  特别是,研究人员发现在表皮生长因子受体的基因发生复杂变异,这与有关系。如果突变发现于这个基因中,丁和她的同事建议病人可以服用表皮生长因子受体抑制剂如厄洛替尼治疗,无论肿瘤的类型。研究人员还在KIT上发现复杂变异,这会中发挥的作用。分析表明,在KIT上发生复杂突变的患者可以服用药物如伊马替尼获益,舒尼替尼和索拉非尼,针对该基因的突变。

  研究人员研发了一个新的专门寻找复杂变异的软件被称为Pindel-C.该软件是建立在现有的软件Pindel之上,软件Pindel是由遗传学助理教授KaiYe博士研究发表的。两个版本的软件都是免费提供在线下载。


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